Причем, каждая типовая аминокислота характеризуется наличием функциональных атомных групп (аминогруппы и карбоксильной группы), которые определяют её химические свойства и служат входными и выходными цепями, с помощью которых элементы могут ковалентно соединяться друг с другом в длинные полипептидные цепи. Кроме того, важно отметить, что каждая аминокислота имеет еще и свою, индивидуальную боковую атомную R-группу, которая в живой системе, как правило, используется в качестве – элементарного информационного химического сигнала! Поэтому, если в информационных технических системах наиболее широкое применение находят электрические сигналы, с переносчиком информации в виде импульсного тока или напряжения, то в молекулярно-биологических системах, в качестве элементарных сигналов, используются химические сигналы различных био-логических элементов общего алфавита – нуклеотидов, аминокислот, простых сахаров, жирных кислот и др., с переносчиком в виде их боковых атомных групп [1]. Наглядный пример: сообщение в цепи ДНК или РНК кодируется в виде последовательности нуклеотидов, а носителями генетической информации являются азотистые основания – “боковые” атомные группы нуклеотидов. Соответственно, и в полипептидной цепи белка это сообщение записывается в виде последовательности аминокислот, где носителями информации являются их боковые R-группы. “Линейную” “структурную основу любого пептида составляет зигзагообразный остов, образованный атомами углерода и азота. Направленные вовне по отношению к остову боковые R-группы любых соседних аминокислотных остатков ориентированы в противоположные стороны. На одном конце в молекуле пептида находится свободная аминогруппа, а на другом конце – свободная карбоксильная группа” [2]. Таким образом, ориентация соседних боковых атомных группировок в противоположные стороны позволяет полипептидной цепи в составе белка осуществлять сначала внутримолекулярные, а затем, и межмолекулярные информационные взаимодействия. Причем, если генетический код служит для переноса генетической программной информации на “линейную” структуру белка, то аминокислотный код является тем молекулярным кодом, с помощью которого осуществляется сначала преобразование, а затем, и, через деятельность белков, – воплощение и реализация генетической информации. Подробное изучение глобулярных и фибриллярных белков показало, что для каждого индивидуального белка характерна своя пространственная трёхмерная организация, которая зависит от его первичной структуры – то есть от информации, записанной линейным аминокислотным кодом. Заметим, что генетическим кодом кодируется только первичная – “линейная” структура полипептидной цепи. Однако “конкретная конфигурация (вторичная, третичная и четвертичная структуры) любого белка полностью определяется первичной структурой входящих в его состав полипептидных цепей и зависит от химических свойств боковых групп аминокислотных остатков” [2]. Следовательно, вторичная, третичная и четвертичная структуры белковых макромолекул кодируются и программируются уже другим молекулярным кодом – аминокислотным. Это ведёт к представлению, что только аминокислотный код обеспечивает трёхмерную структурную организацию белковой молекулы, а затем, и все её специфические свойства и функции. То есть, этот код, в первую очередь, предназначен для организации новой формы молекулярной информации – пространственной, стереохимической. Поэтому первый уровень организации белковых молекул характеризуется применением линейного аминокислотного кода, который служит основой преобразования линейной формы информации полипептидов в стереохимическую форму информации белковых молекул. Здесь следует обратить внимание на то, что различные аминокислоты полипептидной цепи, по всей вероятности, тоже организованны в виде отдельных комбинационных кодовых сигналов, определяющих (в клеточной среде) различные по своей биохимической характеристике зоны, участки и фрагменты, которые обуславливают соответствующие пути, порядок и последовательность информационной сборки белка. В полипептидных цепях белковых молекул кодируется разнообразнейшая информация. Поэтому важно знать, что любая полипептидная цепь всегда является тождественным эквивалентом соответствующего кодового послания генома, указывающего будущие характеристики белковой молекулы. Причем, каждое сообщение, при передаче информации в полипептидной цепи белка, по всей видимости, передаётся своим индивидуальным кодом (кодовыми комбинациями аминокислот).