4. Ферменты и белки – это молекулярные биологические автоматы с программным управлением. В живой клетке имеется множество локально рассредоточенных объектов управления (субстратов). Для эффективного управления ими все выходные управляющие аппараты биокибернетической системы клетки должны быть “механизированы и автоматизированы”. Они должны быть снабжены системой адресной доставки, а также обладать свойствами адаптивного управления, в зависимости от наличия объектов управления, регуляторных сигналов обратной связи или физико-химических воздействий окружающей среды. Всеми этими свойствами в достаточной мере обладают ферменты и другие функциональные белки живой клетки, которые являются материальными носителями не только программных средств, но и самих управляющих органов и механизмов. В связи с этим, в молекулярно-биологической системе клетки, в качестве выходного управляющего звена используются белки и ферменты, представляющие собой молекулярные биологические автоматы или манипуляторы с программным управлением [3]. В результате стереохимического кодирования и программирования каждый белок клетки получает своё, как внешнее, так и внутреннее структурно-функциональное и информационно-программное обеспечение. К внешнему обеспечению белков могут относиться: 1) средства информационной коммуникации, – представляющие собой адресные стереохимические коды активных центров, которые состоят из пространственной комбинации аминокислотных остатков с различными R-группами; при помощи таких кодов ферменты способны к адресному поиску, комплементарному взаимодействию и связыванию молекул субстрата; 2) зона химического катализа, представляющая собой код каталитической операции активного центра фермента, который определяет характер химической реакции и состоит из стереохимической комбинации различных боковых R-групп, обладающих высокой химической реактивностью; 3) к средствам коммуникативного “общения” белка с другими молекулами клетки могут также относиться разного рода и назначения локальные или рельефные поверхностные кодовые микроматрицы. Они образованы координатной мозаикой различных, иногда весьма многочисленных боковых R-групп, находящихся в углублениях или на поверхностных участках белковой молекулы. К внутреннему обеспечению белковых молекул могут относиться: 1) средства программного обеспечения, которые скорее неявно, чем в явной форме “загружены и заложены” в аминокислотной “линейной”, а затем, и трёхмерной организации белковой молекулы; 2) средства структурной организации исполнительных органов и механизмов белка, которые обладают высокой динамической реактивностью; 3) энергетические средства макромолекулы, заключенные в её химических ковалентных и нековалентных (слабых) связях, а при необходимости и в дополнительной энергии в форме АТФ. Стереохимические (пространственные) аминокислотные коды, находящиеся в белковых молекулах (и передаваемые по физическим каналам связи), по функциональному назначению могут разделяться на адресные коды, коды операций, регуляторные, информационные, структурные коды и др. Адресный код (или коды), – служит для комплементарной рецепции функционального адреса молекулы (или молекул) субстрата. При помощи адресных кодов определяется класс биохимических соединений (то есть вид молекулярной информации), тип информационного элемента или атомной группы для связывания его с активным центром. Код операции, – указывает характер химической операции (реакции) во время химических превращений. Регуляторные коды, – служат для принятия информационных сигналов обратных связей во время функционирования фермента. Информационные коды – это те локальные или поверхностные рельефные биохимические матрицы, которые служат для связывания белковой макромолекулы с её функциональными молекулярными партнёрами или партнёрами по агрегатированию. Структурные коды – это та кодовая организация химических букв в макромолекуле, которая определяет структурную организацию исполнительных органов и механизмов белковой молекулы. Такое стереохимическое кодовое разделение сигналов позволяет белку динамически и информационно взаимодействовать с различными молекулярными партнёрами: с транспортными молекулами, с коферментами, с мембранами клетки, с АТФ, с регуляторными молекулами, с партнёрами по агрегатированию и т. д. В связи с этим, процесс описания конкретного функционального алгоритма белковой молекулы на языке “стереохимических кодовых команд” можно было бы назвать – “программированием в стереохимических кодах”.