Целью стереохимического кодирования белковых макромолекул является передача адресных информационных сообщений с кодовым разделением различных по своему назначению сигналов. Каждый функционально активный белок клетки, как молекулярный биологический программный объект, всегда состоит из данных, то есть, – функциональных биохимических программных элементов (аминокислот) и физико-химических алгоритмов, определяемых биохимической логикой их взаимодействия. При этом динамическая реактивность макромолекулы белка связана с кооперативным изменением сил притяжения и отталкивания, поэтому свободная энергия взаимодействия аминокислот в составе макромолекулы, при информационном контакте с молекулярными партнёрами, и определяет её функциональное поведение. При недостатке энергии белковые молекулы способны адресно (информационно) взаимодействовать с молекулами АТФ, которые в живой клетке выполняют роль аккумулятора химической энергии. Как мы видим, стереохимический язык живой формы материи является не только средством выражения информационных сообщений, но и средством “естественного общения” биологических молекул друг с другом. Основной целью стереохимического кодирования и программирования белковых молекул является: 1) передача в трёхмерных структурах белков различных сообщений со стереохимическим кодовым разделением сигналов; 2) программирование работы молекулярных органов и исполнительных механизмов, определяющих функции белковых молекул; 3) повышение помехоустойчивости информационных сообщений, путём применения комплементарных обратных связей, при взаимодействии биологических молекул друг с другом с помощью их биохимических матриц; 4) повышение достоверности передачи сообщений, так как ошибочное замещение одной аминокислоты на другую в любом стереохимическом коде, как правило, ведёт к “потере” биологического сигнала белковой молекулы; 5) возможность регуляторного воздействия на управляющие стереохимические коды макромолекулы фермента путем “разрешения или запрета” на прохождение управляющих команд (при помощи регуляторных молекул обратных связей); 6) экономное использование различных компартментов, каналов связи и т. д. Таким образом, стереохимический принцип кодирования и программирования функций белковых молекул – это, в первую очередь, и есть тот путь, который непосредственно ведёт от молекулярной информации к биологическим характеристикам живой формы материи. Нам до сих пор неясен и непонятен этот древнейший язык живой природы, который, по всей вероятности, является не только средством молекулярного “общения”, но и формой выражения биологической сущности живой материи. Только таким способом программируется весь путь и биологическая судьба любой активной макромолекулы живой клетки. Поэтому каждый фермент или другой белок клетки становится обладателем своей сложной биологической судьбы и начинает функционировать строго в соответствии с теми обстоятельствами, в которых он находится, и в соответствии с той программой, которая химическим и стереохимическим способом загружена в его линейную и трёхмерную структуру. Многие белки программируются таким образом, чтобы они могли реализовать не только свою управляющую информацию, но и специфически могли воспринимать и реагировать на осведомляющую информацию сигнальных и регуляторных молекул. Таким образом, трёхмерные структуры белков могут обладать своими “входными и выходными” средствами обмена информацией с другими молекулами клетки. К примеру, аллостерический фермент, благодаря выходным управляющим кодовым компонентам активного центра, всегда “знает” с каким объектом управления ему следует взаимодействовать, а благодаря набору входных кодовых компонентов, которые служат для обратной связи, он способен адекватно реагировать на информационные воздействия сигнальных или регуляторных молекул. Следовательно, для того, чтобы логический механизм фермента или другого белка клетки заработал и был способен точно и быстро выполнить все указания генов, в их трёхмерную структуру должны быть заложены как исполнительные органы и механизмы, так и их программное, функциональное, энергетическое и информационное обеспечение. Такое условное подразделение на отдельные средства структурного и информационного обеспечения макромолекул необходимо для понимания информационных принципов и механизмов, лежащих в основе функционального поведения как белковых, так и других биологически активных молекул.